V súčasnom období má Univerzita fakulty lekársku, prírodovedeckú, právnickú, fakultu verejnej správy a filozofickú fakultu, ktoré pripravujú lekárov, odborníkov z prírodovedných disciplín, matematiky a informatiky, učiteľov, právnikov, odborníkov pre oblasť verejnej správy, filozofie, jazykov, psychológie a sociálnej práce. Absolventi tejto druhej najstaršej klasickej slovenskej univerzity majú dobrú povesť doma i v zahraničí.
Univerzita predpokladá účasť v ďalších európskych aktivitách zameraných na hodnotenie kvality vzdelávania, vzájomné porovnávanie študijných programov a ďalšie.
